In Mailand ist die Aquilins-Verehrung seit Jahrhunderten nachweisbar. Besonderen Aufschwung erhielt die Verehrung im 14. Jahrhundert, als viele Pestkranke auf seine Fürbitte hin geheilt wurden. Die feierliche Erhebung der Gebeine nahm Cardinal-Erzbischof Federico Caccia im Jahre 1647 vor. Daraufhin wurde in der Kirche von San Lorenzo Maggiore in Mailand zu Ehren des Heiligen eine eigene Kapelle erbaut, wo man seinen Leichnam in einem Sarg mit der Inschrift „Des Priesters und Märtyrers Aquilinus unverwester Leichnam" beisetzte. Bei einer Untersuchung der Reliquien im Jahre 1769 fand man den Leib des Heiligen übrigens tatsächlich unverwest und mit einer tiefen Schnittwunde auf der rechten Seite. In Mailand erinnert bis heute ein Umzug an die Auffindung des Leichnams. Alljährlich am 29. Januar geht der Zug von der Via della Palla, dem Ort der Auffindung des Leichnams, bis zur Basilika des Hl. Laurentius; dabei wird ein Fass Öl für die Lampe vor den Reliquien des Hl. Aquilinus mitgeführt. Zudem gilt Aquilinus, dessen Gedenktag die Kirche am 29. Januar feiert, als Patron der Koffer- und Gepäckträger sowie gegen schwer diagnostizierbare Krankheiten. Manchmal findet man ihn auch zusammen mit dem hl. Karl Borromäus als Pestpatron.
Verehrung auch in Würzburg
In Aquilins Heimat setzte die Verehrung erst spät ein. Erst mit dem Erscheinen des zweiten Bandes des Monats Januar der „Acta Sanctorum" im Jahr 1643 wurde man in Franken auf den Gottesmann aufmerksam. Fürstbischof Johann Philipp von Schönborn erklärte 1665 den 29. Januar zum Gedenktag im Bistum Würzburg und bemühte sich um Reliquien. Erwerben konnte diese erst Fürstbischof Johann Philipp von Greiffenclau im Jahr 1705. Weitere Reliquien brachte Bischof Georg Anton von Stahl 1854 aus Mailand mit; diese verbrannten jedoch am 16. März 1945 in der Michaelskirche.
Belebt wurde die Reliquienerwerb vor allem durch die Entstehung von bildlichen Darstellungen in Plastik und Malerei. Die älteste Darstellung ist vermutlich ein Kupferstich von Johann Leypold aus dem Jahr 1653. Dieser wurde zum Urbild aller Aquilin-Bilder und bildete den Startschuss der Verehrung in Würzburg. Über 50 Darstellungen des Heiligen – vornehmlich in der Barockzeit – sind daraufhin entstanden. Zu den bekannteren zählen das lebensgroße Silber-Brustbild auf einem Ebenholzsockel in der Würzburger Marienkapelle, das die Würzburger Bürgersodalität 1715 anfertigen ließ, sowie die Jakob von der Auwera oder Claude Curé zugeschriebene Statue von 1728 am Haupteingang von St. Peter und Paul. Ursprünglich war diese Figur für die Alte Mainbrücke vorgesehen, musste dann jedoch dem Namenspatron von Fürstbischof Friedrich Karl von Schönborn weichen.
Darüber hinaus ist Aquilin auch in den großen Heiligenhimmeln von Neumünster, Hofkirche, Käppele und Ipthausen sowie im Hochchor des Würzburger Kiliansdoms vertreten. Einem Irrtum zuzuschreiben ist übrigens die Figur an der Fassade des Hauses in der Hörleingasse 7 in unmittelbarer Nähe der Peterer Kirche. Eine Gedenktafel weist das Haus als Geburtshaus des Heiligen aus; doch schon die fehlerhafte Inschrift – die Tafel gibt das Jahr 786 als Todesjahr an – sollte stutzig machen. Wissenschaftliche Nachforschungen haben die Inschrift als Legende entlarvt: Sie entstand, nachdem der damalige Hausbesitzer 1705 ein Reliquienpartikel des Heiligen erhalten hatte.
Hauptverehrungsort für den Heiligen ist der Aquilinaltar in der Würzburger Kirche St. Peter und Paul, die seit der Renovierung in neuem Glanz erstrahlt. Die Holzstatue von Andreas Kräml (1987) stellt den Heiligen im tridentinischen Messgewand mit Evangelium, Märtyrerpalme und Dolch im Hals dar. Bis zur Renovierung stand in dem darunter liegenden Tabernakel eine von Michael Amberg gestaltete Reliquienmonstranz mit einem Knochenstück, das Pfarrer Karl-Heinz Albert und einige Pfarreimitglieder 1987 von einer Wallfahrt zum Grab des heiligen Aquilinus in Mailand mitgebracht hatten.