Da die Zeugnisse von Kilians Leben zum Großteil legendären Charakter besitzen, weiß die Geschichtswissenschaft nur kurze und nüchterne Fakten über Kilian und seine Gefährten zu berichten. Zwei Passionserzählungen dienen als Hauptquellen seiner Biographie: die „Passio sancti Kiliani minor" (Fuit vir vitæ venerabilis Killena nomine) aus dem achten und die „Passio sancti Kiliani maior" aus dem neunten Jahrhundert. Sie wurden nach dem Muster der Wanderbischofserzählungen abgefasst und besitzen daher idealisierenden Charakter.
Kilian (Chilian, Killena, Cillíne) entstammte demnach einer vornehmen irischen oder schottischen Familie und wurde um 640 geboren. Der Geburtsort lag in Irland oder Schottland und wird heute von Cloughballybeg bei Mullagh in County Cavan/Irland beansprucht. Irland und Schottland wurden zur damaligen Zeit synonym verwendet (Scotia quæ et Hibernia dicitur)
Nach Darstellung des „Mullagh Heritage Center" hat Kilian seine christliche Unterweisung in Roscarberry in County Cork begonnen und in Touist in County Kerry abgeschlossen. Er soll sich zunächst in der Abtei von Hy (Iona) dem Orden des heiligen Kolumban angeschlossen haben und später dort Abt geworden sein. Andere Quellen berichten, Kilian habe in der Gegend von Kenmare seine eigene Abtei gegründet. Zeitweilig soll er auch als Einsiedler gelebt haben. Folgt man der Passion, war Kilian nicht Abt, sondern wurde zum Bischof geweiht. Diese Fassung erscheint durchaus wahrscheinlich, da er bei seinem Papstbesuch als Bischof tituliert wurde. Er war keiner bestimmten Diözese zugeordnet, sondern „Reisebischof" beziehungsweise „Regionalbischof". Andere Experten lehnen diese Darstellung jedoch ab, da die Organisationsstruktur der Bischofskirche den Iren fremd gewesen und stattdessen das Mönchstum prägend gewesen sei. Die Darstellung als Bischof könnte vielmehr bewusst konstruiert worden sein, um Kilian als Vorläufer des angelsächsischen Missionsbischofs und päpstlichen Legaten Bonifatius darzustellen.
Wie dem auch sei, Kilian gehörte zur so genannten „irischen Mission", die das Gebot der Nachfolge Christi in seiner radikalsten Form durch Heimatlosigkeit verwirklichen wollte. Prägende Motive waren die Christusfrömmigkeit und die „peregrinatio pro Christo" nach dem Vorbild Abrahams. In Kilmakilogue soll Kilian nach Europa aufgebrochen sein, so das Heritage Center. Mit elf oder zwölf Gefährten sei er nach Deutschland gekommen, in Aschaffenburg an Land gegangen und nach Würzburg weiter gezogen. Hier soll er Herzog Gozbert zum christlichen Glauben bekehrt und zahlreiche Untertanen getauft haben. Möglicherweise war das Herzogsgeschlecht jedoch bereits christlich getauft und der Glaube lediglich in Vergessenheit geraten. Geschätzt wurden die Iren auch wegen ihrer praktischen Kenntnisse in Ackerbau, Holz- und Viehwirtschaft.
Nach der Bekehrung von Gozbert soll Kilian mit seinen Gefährten nach Rom zu Papst Conon (Sommer 686 oder 687) gereist sein, wo er den Missionsauftrag für Thüringen und das fränkische Ostreich erhalten haben soll. Dort soll Kilian auch die Bischofswürde zuteil geworden sein. Dann sei er wieder nach Deutschland gekommen und habe sich, gemeinsam mit dem Priester Kolonat (Colman) und dem Diakon Totnan (Tadhg), von den anderen getrennt. Demnach wäre Kilian im Herbst 686 oder 687 wieder in Würzburg angekommen. Die Reise könnte jedoch auch vor seinem Würzburg-Aufenthalt gelegen haben.
In Würzburg sollen Kilian und seine Gefährten 689 ermordet worden sein, auch wenn das genaue Jahr letztlich nicht mit völliger Sicherheit zu bestimmen ist. Vermutlich hat Gozberts Gattin Gailana, möglicherweise aber auch der Herzog selbst die Enthauptung der Missionare angeordnet, weil Kilian sich in die Eheangelegenheiten der Herzogsfamilie eingemischt hatte. So sollen die Missionare als Beweis für Gozberts Bekehrung zum Christentum von diesem gefordert haben, sich von seiner Lebensgefährtin Gailana zu trennen. Gozbert hatte nach alter Sitte die Witwe seines Bruders, Gailana, zu sich genommen. Nach christlichem Gesetz galt das als Blutschande. Gozbert soll die Forderung erfüllt haben. Gailana aber ließ die Missionare aus Rache ermorden: Als Herzog Gozbert auf einem Kriegszug war, ließ sie ihn mit seinen Gefährten beim nächtlichen Gebet in deren Klause überraschen. Den gezückten Schwertern sollen die drei Mönche die Bibel entgegen gestreckt haben. Die Täter ließen sich davon freilich beeindrucken – wie noch heute an den Flecken auf dem Bucheinband des Kiliansevangeliars in der Würzburger Universitätsbibliothek zu sehen ist. Die Mörder verscharrten die Leichen und ließen darüber einen Pferdestall errichten, den die Pferde jedoch verschmähten.
Als Gozbert heimkehrte, sollen die inzwischen vom Wahnsinn geschlagenen Mörder ihre Tat gestanden haben. Die Leichen sollen daraufhin unversehrt ausgegraben, die Mörder Selbstmord begangen haben und deren Anstifterin im Wahnsinn gestorben sein. Herzog Gozbert, so heißt es, wurde ermordet. Das Volk sah darin die Kraft der neuen Religion und bekehrte sich zum Christentum. Damit sollte sich das Wort vom Weizenkorn bewahrheiten, das sterben muss, bevor es reiche Frucht bringen kann.