Pater Pius Keller wurde am 30. September 1825 als Sohn des Landwirts Johannes Keller und seiner Frau Margarethe in Ballingshausen bei Schweinfurt geboren und auf den Namen Johannes getauft. Nach dem Besuch des Augustinergymnasiums in Münnerstadt und dem Studium der Theologie und Altphilologie in Würzburg trat Keller 1846 in das Würzburger Priesterseminar ein. Ein Jahr später beendete er seine Studien mit dem Prädikat „sehr gut“, 1849 empfing er durch Bischof Georg Anton von Stahl die Priesterweihe.
Ebenfalls 1849 erhielt Keller eine Anstellung als Lehrer am Münnerstadter Gymnasium, wo er bis 1897 (mit Unterbrechungen) Latein, Griechisch, Deutsch, Französisch und Religion unterrichte. Durch eine mystische Erfahrung während des Gottesdienstes am Fest des hl. Augustinus bestärkt, trat er noch im gleichen Jahr bei den Augustinern ein und nahm den Ordensnamen Pius an. Obwohl zur Zeit von Pius’ Ordenseintritt die Talsohle hinsichtlich der Personalsituation bereits durchschritten war, war der Augustinerorden durch die Säkularisation noch stark geschwächt. So gab es damals lediglich zwei Augustinerklöster in Deutschland, nämlich Münnerstadt mit neun Patres und sechs Laienbrüdern sowie Würzburg mit zwei Priestern und vier Conversen. Der älteste (!) Pater war Adeodat Zumwald mit 45 Jahren, der Senior unter den Brüdern war Wilhelm Nürnberger (Jahrgang 1787). Auch in den Folgejahren konnten die Augustiner nur spärlichen Nachwuchs in ihren Reihen begrüßen.
1853 wurde Pater Pius als jüngster Mitbruder zum Prior in Münnerstadt gewählt, 1859 folgte die Berufung zum Generalkommissär der beiden letzten deutschen Augustinerklöster Würzburg und Münnerstadt. Da in Münnerstadt nur Novizen eintreten durften, die Lehrer am Gymnasium wurden, wagte Pius 1864 eine Neugründung im preußischen Germershausen (Landkreis Göttingen), wo diese Gesetze nicht galten. Von 1865 bis 1870 stand Keller dem von ihm gegründeten Kloster als Prior vor. „Münnerstadts eingefahrene Gleise schienen ihm eine zu bequeme Fahrt zu garantieren“ (Pater Dr. Michael Wernicke, 2004). Vor allem das Geld, das die Patres verdienten, sei dem reformeifrigen Pius ein Dorn im Auge gewesen; deshalb lebten die Brüder im Germershäuser Konvent nach besonders kargen Bedingungen. Nachdem das Kloster 1875 infolge des Kulturkampfes schließen musste, konnten die Augustiner 1887 wieder in ihr Kloster einziehen und bauten ab 1890 eine eigene Klosterschule auf.
Nach seiner Rückkehr als Prior von Münnerstadt wirkte Keller von 1872 bis 1881 als Generalassistent für alle Augustinerklöster in Deutschland, Holland, Belgien, Polen und Böhmen. 1895 war durch das Wirken Pius’ die Zahl der Augustiner in Deutschland wieder auf stolze 90 Ordensmänner angewachsen und damit der Weg frei für die Wiedererrichtung der bayrisch-deutschen Augustinerprovinz, deren erster Provinzial Pius wurde. Bis zu seinem Tod gründete er zudem die beiden Konvente in Fuchsmühl (Oberpflaz) und Fährbrück bei Würzburg.
Pater Pius starb am 15. März 1904 in Münnerstadt, „hoch verdient um Kirche und Orden, bekannt und angesehen in der ganzen internationalen Familie der Augustiner“ (Pater Dr. Michael Wernicke, 2004).